Erikoislääkäritutkinnosta puolet tulee asetuksen mukaan suorittaa yliopistosairaalan ulkopuolella. Koska yliopisto omistaa erikoislääkäritutkinnon (hallituksen myöntämä tutkinnonanto-oikeus), se myös säätelee sitä, missä yksiköissä erikoiskoulutusta voi hankkia. Erikoiskoulutuspaikkojen ja kouluttajien kriteerit on kirjattu tiedekuntien erikoiskoulutuksen opinto-oppaisiin.
Yliopistojen lääketieteelliset tiedekunnat ovat tehneet koulutussopimuksia seuraavasti:
Helsingin yliopisto
Itä-Suomen yliopisto
Oulun yliopisto
Hyväksyttävistä koulutuspaikoista voi olla informaatiota myös lääketieteellisten tiedekuntien erikoislääkäritutkinnon opinto-oppaissa.
Erikoisalan koulutuksen vastuuhenkilö voi hyväksyä koulutuksia eri yksiköissä riippumatta siitä, onko yksikön kanssa tehty koulutussopimus vai ei. Koulutussopimuksen teko on kuitenkin suotavaa.
HY:ssä Erikoistumiskoulutuksen Hallintajärjestelmän (ELHA/ERHA) käyttöönoton jälkeen (v. 2008) kuitenkin kirjauksia järjestelmään voidaan tehdä vain niistä yksiköistä, jotka ovat virallisesti tulleet hyväksytyiksi koulutuspaikoiksi, ja kirjattu järjestelmään sellaisiksi.
Koska ELHAssa erikoistuvalle kertyy pisteitä niistä kirjauksista, joita hänestä järjestelmään tehdään ja erikoistumisen toiselle puolikkaalle HUSiin pääseminen ratkeaa näiden kertyneiden pisteiden mukaisessa järjestyksessä, tulee koulutusoikeuksien olla kussakin kouluttavassa yksikössä kunnossa.